ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正體不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。擊敗了第七道館的道館訓練家葛吉花後，小智一行人繼續以收集齊八枚徽章為目標向映雪市進發。在旅途中，他們遇到了正體不明的綠色生物“小軟”（基格爾德·核心）及為其目標而行動的神秘團體“閃焰隊”。