1638年，因不堪饑荒和針對天主教徒的壓迫，日本爆發了島原之亂，德川幕府派遣十二萬大軍征討，大敗天草四郎時貞（窪塚洋介 飾）統率的島原軍，以妖術聞名的天草在臨死前令幕府來將陷入狂亂。多年以後，德川家康的三子、當世將軍的叔叔、有南海之龍之稱的德川賴宣在打獵時遇見還魂歸來的天草以及其侍女（麻生久美子 飾），天草慫恿賴宣用實力奪權，並向其展示了借用女性身體為媒介令死者復活的魔界轉生之術。天草收集女性做為轉生法術載體，將柳生一族拖入了此事，柳生十兵衛（佐藤浩市 飾）與天草復活的昔日同門荒木又右衛門惡戰並斬斷其一臂。天草將寶藏院胤舜、柳生但馬守宗矩和宮本武藏等高手先後引入魔界，與柳生十兵衛展開連番搏殺……